Vsak dan v črevesje s hrano pridejo številne tuje beljakovine in patogeni – snovi, ki lahko povzročijo bolezni. Zato se je črevesje prilagodilo, da te snovi čim hitreje nevtralizira. Tudi za to živi mikroflora.
Velik del imunskega sistema se nahaja v črevesju, zato delovanje prebavnega trakta vpliva na celotno telo.
Slabo delujoče črevesje lahko povzroči astmo, migrene, alergije in celo avtoimunske bolezni (to so bolezni, pri katerih celice imunskega sistema napadejo lastno telo)